Honig entsteht, indem Bienen Nektariensäfte oder auch andere süße Säfte an lebenden Pflanzen aufnehmen, mit körpereigenen Stoffen anreichern, in ihrem Körper verändern, in Waben speichern und dort reifen lassen. Die Hauptquelle ist der Nektar von Blütenpflanzen.


Die Biene saugt den Nektar oder Honigtau über ihren Rüssel auf. In der Honigblase wird dieser dann in den Bienenstock transportiert. Dort wird der zuckerhaltige Saft an die Stockbienen weitergegeben, die ihn im Laufe der Zeit mehrfach transportieren (umtragen), indem sie ihn in ihren Körper aufnehmen und wieder abgeben. Beim Transport in den Bienenstock und beim Umtragen gelangen Säuren, Enzyme und sonstige Eiweiße aus der Biene in den Nektar und bewirken eine Invertierung der Saccharose, Isomerisierung von Glucose zu Fructose und die Bildung höherer Saccharide. Außerdem wird der Nektar eingedickt, und es entstehen sogenannte Inhibine; eine allgemeine Bezeichnung für Stoffe, die das Wachstum von Hefen und Bakterien hemmen. Die Reduzierung des Wassergehalts erfolgt in zwei Schritten: Zuerst wird ein Tropfen Nektar über den Rüssel mehrfach herausgelassen und wieder eingesaugt. Danach, ab einem Wassergehalt von 30 bis 40 %, wird der so schon bearbeitete und etwas eingedickte Nektar über und auch im Brutnest in leeren Wabenzellen ausgebreitet. Die Zellen werden dabei nur teilweise gefüllt, um eine möglichst große Verdunstungsfläche zu erzeugen. Die weitere Verdunstung des Wassers wird jetzt durch Fächeln mit den Flügeln beschleunigt. Dabei wird beispielsweise nachts die Stockluft mit kühlerer und trockenerer (absolute Feuchte) Außenluft getauscht, die auf annähernd Brutnesttemperatur aufgeheizt wird. Schließlich wird ein Wassergehalt von unter 20 % erreicht, meist 18 % oder sogar noch etwas geringer. Damit ist der Trocknungsvorgang des Honigs durch die Bienen abgeschlossen. Der jetzt fertige Honig wird noch einmal umgetragen und in Lagerzellen über dem Brutnest eingelagert, wobei er mit einer luftundurchlässigen Wachsschicht überzogen wird. Imker bezeichnen diesen Vorgang als Verdeckeln. Er ist für sie das Zeichen, dass der Honig reif ist und geerntet werden kann.


Schon in der Steinzeit nutzte der Mensch Honig als Nahrungsmittel, wie es 9000 Jahre alte steinzeitliche Höhlenmalereien mit „Honigjägern“ zeigen. Er war zunächst das einzige Süßungsmittel. Der wild lebenden Bienenvölkern abgenommene Honig wurde auch als Köder bei der Bärenjagd eingesetzt. Australische Petroglyphen zeigen, dass die Aborigines bereits in vorgeschichtlicher Zeit Buschhonig von stachellosen Bienen sammelten.


Das deutsche Wort Honig stammt von einem alten indogermanischen Begriff ab, der ihn der Farbe nach als den „Goldfarbenen“ bezeichnet.


Honig sollte möglichst kühl und dunkel sowie in trockener geruchsneutraler Umgebung gelagert werden, damit die Enzyme und Aromastoffe möglichst erhalten bleiben. Bei der Erwärmung über 40 °C gehen wichtige Inhaltsstoffe (Enzyme) verloren. In der Mikrowelle sinkt der Enzymgehalt bereits nach wenigen Sekunden auf Null. Daher sollte man den Honig nicht kochen oder beim Kochen zugeben. Die kurzzeitige Erwärmung beim Süßen heißer oder warmer Getränke ist aber vertretbar, da das Getränk sich im Körper relativ schnell abkühlt und aufgenommen wird.